Коллекция «Фотографии, негативы, слайды» состоит из 1079 ед. и включает в себя комплексы фотографий из личных архивов, фотографии, связанные с жизнью в лагерях, современные фотографии, сделанные на местах бывших лагерей.

Коллекция «Предметы декоративно-прикладного искусства» (164 предмета) содержит предметы быта, принадлежавшие репрессированным гражданам, а также предметы, созданные в лагерях и представляющие как эстетическую и художественно-историческую, так и мемориальную ценность. Сюда же относятся произведения современных художников, созданные в техниках декоративно-прикладного искусства (арт-объекты, ассамбляжи и т.п.)

Коллекция «Вещевой фонд» (320 предметов) дает представление о предметах быта первой половины ХХ века.

Коллекция «Графика» (143 предмета) включает произведения печатной и оригинальной графики, отражающие тематику музея. Небольшие зарисовки, наброски, рисуночки и портреты, созданные в лагерях и ссылках особенно ценны для коллекции музея.

Коллекция «Афиши, плакаты, открытки» (85 предметов) состоит из открытых писем (открыток, почтовых карточек), а также печатных плакатов и афиш лагерных спектаклей и др.

Коллекция «Предметы лагерного быта» - одна из наиболее значимых коллекций музея (301 предмет). В ней собраны экспонаты, имеющие прямое отношение к тюремной и лагерной жизни. Среди них есть предметы, переданные отдельными людьми и связанные с их лагерной историей, а есть артефакты, привезенные сотрудниками музея из экспедиций по местам расположения бывших лагерей нашей страны.

Коллекция «Живопись» (55 предметов) представлена художественными работами периода XX-XXI веков, посвященными теме репрессий. Среди них есть работы Р.Г. Горелова, Н.И. Гетмана, К.А. Прокофьева – эти художники прошли через лагеря ГУЛАГа, их произведения созданы по личным впечатлениям и воспоминаниям.

Коллекция «Редкая книга» (66 предметов) представлена изданиями, выпущенными до 1950 года и посвященными теме репрессий.

Коллекция «Периодическая печать» (59 предметов) включает газеты, журналы и другие печатные издания, в которых опубликованы статьи, связанные с вопросами репрессий или с отдельными политическими деятелями.

Коллекция «Нумизматика» (включая коллекцию «Бонистика») - самая малочисленная (6 предметов) и недавно созданная коллекция появилась в музее благодаря уникальному пожертвованию. В дар были переданы лагерные деньги – боны и жетоны (однако, в подлинности последних сотрудники музея сомневаются).

Коллекция «Документы» (включая небольшую коллекцию «Аудиовизуальный фонд») наиболее многочисленная и состоит из 1825 единиц хранения. Она включает в себя архивы документов, лагерную переписку, воспоминания бывших узников ГУЛАГа. Среди экспонатов есть аудио и видео материалы, связанные с темой репрессий.

Коллекция «Скульптура» (16 предметов) включает творческие работы художников на тему репрессий. Эта коллекция совсем небольшая, но в ней есть глубокие образы детей и стариков, переживших страшные годы репрессий и утраты своих близких.